一、目的：國家發展委員會(以下簡稱國發會)為使促進轉型正義基金(以下簡稱本基金)妥善管理，符合本基金設置宗旨，並提升運用效率，特訂定本要點。
二、申請範圍：
(一)平復司法不法、行政不法，與識別及處置加害者事項。
(二)清除威權象徵事項。
(三)保存不義遺址事項。
(四)照顧療癒政治受難者及其家屬之政治暴力創傷事項。
(五)政治檔案徵集、整理、保存、開放應用、調查、研究、出版、展示及教育推廣事項。
(六)人權及轉型正義教育事項。
(七)長期照顧及社會福利政策事項。
(八)轉型正義相關文化事務。
(九)其他為落實轉型正義事項。
三、申請機關：本基金申請以行政院所屬中央二級機關為限(以下簡稱中央主辦機關)。
四、基金預算年度分配審議：國發會檔案管理局(以下簡稱檔案局)應於本基金計畫年度前二年之九月，將該計畫年度基金分配總額及優先運用項目，提報促進轉型正義基金管理會(以下簡稱本基金管理會)審議通過後，通知中央主辦機關據以提出申請。
五、申請程序及期程：
(一)中央主辦機關申請本基金，應按年度分配總額，就本機關及補助對象推動轉型正義事項之需求及其計畫項目，彙整研提「○○部(會)辦理促進轉型正義基金業務○○年度計畫」(以下簡稱年度計畫)，並於該計畫年度開始前一年之一月十五日前函送檔案局，由該局提報本基金管理會審議，逾期不予受理。
(二)年度計畫具當年度推動之急迫性者，除申請期程不受前款規定限制外，其申請經費逾新臺幣二百萬元者，提報本基金管理會審議通過後由國發會核定；新臺幣二百萬元以下者，由國發會審查核定，並提報本基金管理會備查。
(三)第一款所定補助對象包括中央主辦機關以外之中央、地方各級機關(構)、公私立各級學校、法人、團體或個人。但經不當黨產處理委員會依政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例認定不當取得財產之政黨及附隨組織，不予補助。
六、中央主辦機關研提年度計畫，應依下列規定辦理：
(一)年度計畫內容應包括背景說明、計畫項目及經費、年度計畫總經費、聯繫窗口及經費審認等；其各計畫項目，應分別說明執行單位、項目名稱、辦理目的及時間、總經費、執行內容、預期效益、工作期程規劃及經費概算表等(格式如附件一)；經費概算表內容應包括科目、金額、需求說明及估算等，如有編列捐助、補助及獎助款項，應獨立說明前揭內容。
(二)應依權責審查各計畫項目，並確認計畫經費合理性，及其內容與公務預算執行事項不得重複。
七、本基金管理會審議年度計畫之期程及基準：
(一)於計畫年度開始前一年之三月底前，完成中央主辦機關所提年度計畫審議。必要時，得邀請提報機關及相關執行單位列席說明。
(二)審議基準如下：
1.計畫定位：與轉型正義工作之關聯性、辦理優先性等。
2.計畫可行性：計畫目標、環境、技術、資源、管理及政策溝通成效等。
3.計畫協調：權責分工、相關計畫之整合情形。
4.社會參與：補助民間之項目及受理申請作業等。
5.效益影響：社會影響、過去執行績效等。
　　各中央主辦機關所提年度計畫，依本基金管理會審議結果需調修內容者，應將年度計畫修正案於計畫開始前一年之四月底前函送檔案局簽報國發會核定。
八、中央主辦機關申請撥付經費之程序及應備文件：
(一)各年度計畫應依核定之預算分配期程覈實估列各期分配預算，並填具本基金業務計畫經費撥付分配表(格式如附件二)，函送檔案局彙辦；其經依第九點第二款規定核定變更計畫者，應依核定變更之計畫金額調整前揭分配表後，函送檔案局彙辦。
(二)依本基金業務計畫經費撥付分配表所載金額，按期填具領款收據及本基金業務經費請撥單(格式如附件三)，函送檔案局申請撥款。
九、計畫執行：
(一)中央主辦機關及其補助對象應按核定之計畫項目、辦理時間(期程)及預定進度執行，其經費不得移作他用。
(二)計畫之變更：
1.經核定之年度計畫，因立法院預算審議結果或執行過程因政策調整或其他不可抗力因素，必須變更原計畫時，應詳述計畫變更事由及內容，於當年度七月底前函送檔案局，經簽報國發會核定後，始得變更。必要時，得提報本基金管理會審議之。
2.前目計畫變更申請作業，應隨文函送變更差異對照表(含變更後項目、原核定項目、差異比較說明等三欄)及其他必要之說明文件。
十、管考作業：
(一)中央主辦機關應彙整研提年度計畫上半年執行報告(格式如附件四)，並於當年度七月底前函送檔案局彙整，俾提報本基金管理會審議；其有執行進度落後逾百分之十或預算執行率未達百分之九十者，並應就落後事項提出說明及因應對策，必要時，得請提報機關及相關執行機關列席本基金管理會說明。
(二)前款執行情形嚴重落後者，得經本基金管理會決議核減經費額度或要求繳回經費，並得依情節輕重停止受理同一機關之申請案件一年至三年。
(三)中央主辦機關應檢討進度落後情形，必要時，輔以實地查訪，並採取改善措施。  
十一、 結案作業：
(一)中央主辦機關應於計畫執行年度之次年一月五日前，填具年度計畫經費執行情形表(格式如附件五)及以前年度計畫執行情形表(格式如附件六)函送檔案局，以辦理本基金年度決算作業。
(二)中央主辦機關應於年度計畫執行結束之次年二月十五日前，製作年度計畫成果報告(格式如附件七)及本基金業務計畫經費結算表(格式如附件八)函送檔案局提報本基金管理會，計畫賸餘款應於檔案局通知後繳回。
(三)中央主辦機關設立專戶存儲本基金補助款者，專戶衍生之孳息及其他收入，應於辦理結案時併同計畫賸餘款繳回；未設立專戶者，衍生之孳息應按補助比例計算繳回。未繳回孳息或無孳息者，應敘明原因，違者視為未結案。
(四)各項支出原始憑證應專冊裝訂，並依會計法及檔案法等相關規定妥善保存及執行銷毀程序。如遇有原始憑證遺失、損毀等情事或辦理銷毀時，除中央主辦機關另有規定外，應依政府會計憑證保管調案及銷毀應行注意事項之規定辦理，檔案局得視需要派員實地檢核。
十二、其他應配合及注意事項：
(一)經核定之年度計畫，應依政府採購法、預算法及財產管理等相關規定辦理。
(二)中央主辦機關所提計畫之工作項目如係補助機關(構)、公私立學校、法人、團體或個人，應強化內部控制機制，訂定適當之績效衡量指標，作為辦理補助案件成果考核及效益評估之依據，並依中央政府各機關對民間團體及個人補(捐)助預算執行應注意事項自行訂定受理申請、管考執行、結案、專戶存儲及孳息處理等作業方式，及公開補助案件相關情形。
(三)中央主辦機關核定之補助案件，均應於計畫相關出版品、宣傳品、財產及非消耗品等註記「促進轉型正義基金補助」。
(四)本基金整體作業期程，依附件九「促進轉型正義基金業務年度計畫作業流程」辦理。