1.中華民國78年8月22日臺78秘字第22620號函訂定
2.中華民國83年8月26日臺83秘字第32937號函修正
3.中華民國85年9月19日臺85忠授字第10130號函修正
4.中華民國89年8月24日行政院研究發展考核委員會會綜字第0011467之1號函修正「行政院重要行政計畫先期作業實施要點」，名稱修正為「行政院重要行政計畫先期作業實施要點」
5.中華民國92年3月6日行政院院授研綜字第09200051741號函修正
6.中華民國100年4月25日行政院院授研綜字第1002260554號函修正
7.中華民國103年3月28日行政院院授發社字第1031300400號函修正
8.中華民國104年3月5日行政院院授發社字第1041300308號函修正第3條至第7條