進、出口貨物以自動化連線報關後，海關電腦專家系統按進出口廠商之等級、貨物來源地、貨物性質及報關行等篩選條件，分別將報單核定為Ｃ１（免審免驗通關）、Ｃ２（文件審核通關）及Ｃ３（貨物查驗通關）三種通關方式。茲分別說明如下：
1.Ｃ１通關方式：出口貨物可立即裝船出口；進口貨物則於完成繳納稅費手續，即可持憑電腦列印之放行通知及原提貨單證前往貨棧提貨。
2.Ｃ２通關方式：報關人於連線報關後，須於翌日海關辦公時間終了前補送書面報單及其他有關文件正本，經審核相符後通關放行。
3.Ｃ３通關方式：報關人除於上開時間內檢送書面報單及其他有關文件正本外，進口貨物並應自報關日起十日內申請會同海關驗貨關員查驗貨物，再由業務單位審核及分類估價後通關放行。
目前海關正積極推動簽審機關加入關貿網路連線，如順利完成，則Ｃ２報單即可線上審核，免再審核書面文件。
今(105)年6月16日 財政部關務署新聞稿表示，依貨物通關自動化實施辦法第14條規定，連線通關之報單經電腦抽中C2（文件審核）通關者，應於接獲連線核定通知之翌日辦公時間終了前補送書面報單及其他相關文件以供查核。為利業者及時傳送文件，該署於去（104）年9月23日公告啟用新出口系統「出口C2報單檢附文件無紙化作業」，報關人於接獲核定通知後，可將通關須檢附文件之相關電子檔案資料（裝箱單、發票或商業發票、商標圖檔為限）以檢附申辦文件訊息（NX5901）傳輸至海關。
為持續精進無紙化作業，自本（105）年4月15日起，海關在原有需付費使用的XML傳輸管道外，又新開闢一條免費的上傳路徑，使用者只要以工商憑證登入關港貿單一窗口系統，開啟通關服務（需憑證）項下之「報單附件上傳」專區，選擇「（MI02）報單附件上傳」作業，輸入報單號碼經系統檢核無訛，即可免費完成裝箱單、發票、商標圖檔等資料上傳。
關務署進一步表示，C2無紙化通關除免除業者遞送書面文件之程序，亦可節省業者人力成本及交通費、快遞費、紙張列印等費用支出。統計單一窗口附件上傳服務，4月後半個月內報單即有33份、附件50件，5月報單增至308份、附件383件，6月截至8日止已有報單160份、附件188件，使用績效成果顯著。無紙化作業上線後，除大幅節省業者人力成本並加速貨物放行外，亦係國際貿易之趨勢，更是提升國家競爭力之重要關鍵，歡迎業者多加利用。
參見財政部關務署網站新聞稿：http://web.customs.gov.tw/ct.asp?xItem=76637&ctNode=4298